Durant cinq saisons nos héros ont fait tout ce qu'ils pouvaient pour survivre sur Terre, rien n'a fonctionné. La Terre n'est plus vivable. Ils n'ont pas perdu espoir. Après 125 ans en cryogénisation, à voyager à travers les constellations, nos héros se sont réveillés près d'une nouvelle maison, dernier cadeau d'amis disparus. Un endroit où ils pourraient essayer d'être de meilleures personnes, de faire mieux que sur Terre. Ce crédo en tête, Clarke et Bellamy mèneront un groupe dans ce mystérieux monde, dans l'espoir d'enfin trouver la paix. Mais les mauvaises habitudes auront la vie dure, et une fois arrivés dans une société en apparence idyllique, il sera vite évident que ce n'est bel et bien qu'une façade. Malgré leur détermination de faire mieux, les diverses menaces forceront nos héros à combattre pour leurs vies et le futur de l'humanité.
Toujours sous le choc après avoir reçu le message de Monty, un petit groupe va sur la mystérieuse planète. Pendant ce temps, sur le vaisseau mère, plusieurs membres du Wonkru font face aux conséquences de leurs décisions.
L'équipe au sol se bat pour survivre aux menaces de la nouvelle planète. Sur le vaisseau, Raven doit joindre ses forces à un allié peu apprécié pour sauver tout les passagers.
Clarke tente de persuader les chefs de Sanctum de laisser son peuple rester. Pendant ce temps, Bellamy, Echo et Octavia découvrent une nouvelle menace lors d'une mission pour récupérer un vaisseau.
Clarke embrasse les traditions de Sanctum, et essaye de réparer ses actions passées.
Jordan explore Sanctum. Octavia et Diyoza découvrent de nouvelles menaces.
Diyoza en apprend plus sur les Enfants de Gabriel, pendant que Abby continue de chercher un moyen pour sauver Kane.
Octavia et Diyoza continuent de chercher la mystérieuse anomalie et le Vieil Homme.
Bellamy doit s'aventurer en territoire ennemi avec un compagnon improbable. Pendant ce temps, Octavia est obligée de faire face à son passé.
Russell réclame justice. Pendant ce temps, Gabriel doit faire un choix difficile. Enfin, les frères et soeurs de Blake se réunissent.
Bellamy et Octavia doivent travailler ensemble pour sauver leurs amis. Au même moment, Echo est obligée de faire face à son passé.
Une journée de Nommage change tout à Sanctum. Gabriel fait face à un vieil ami.
Sanctum devient un champ de bataille entre les dévots et les non-croyants. Le mystère autour de l'anomalie s'approfondit.