Pendant deux saisons, les réfugiés de The 100 envoyés sur Terre ont été en guerre. D'abord avec eux-mêmes, puis avec les Natifs, et enfin avec le Mont Weather. Beaucoup ont perdu la vie en chemin. Ils ont tous perdu leur innocence. Ils ont appris douloureusement que dans la bataille pour la survie, il n'y a ni héros, ni méchants. Il y a seulement les vivants et les morts. Mais maintenant la guerre est finie. La guerre contre le Mont Weather a été remportée. Les prisonniers sont rentrés chez eux dans un monde apparemment en paix, mais peuvent-ils, eux, trouver la paix après ce qu'ils ont fait pour s'échapper ? Et y a-t-il plus dans la vie que juste survivre ? Malheureusement, leur tout nouveau sens de la normalité sera de courte durée, et leurs vies seront changées pour toujours alors que des menaces, à la fois anciennes et nouvelles, testeront leurs loyautés, les pousseront au-delà de leurs limites, et les feront s'interroger sur ce que cela veut réellement dire être humain. D'abord, ils se sont battus pour survivre. Ensuite, ils se sont battus pour leurs amis. Maintenant, ils vont devoir se battre pour la race humaine.
Trois mois se sont écoulés depuis l'attaque du Mont Weather. L'équipe apprend que Clarke est en danger. Un groupe mené par Bellamy et Kane explore de nouveau la forêt, dans l'espoir de retrouver Clarke. Murphy retrouve la trace de Jaha et découvre un homme changé.
Bellamy et Kane risquent leurs vies pour retrouver et sauver Clarke. Abby se concentre sur la transformation du mont Weather en centre médical. Murphy complote pour trahir son ancien chancelier.
Lexa propose à Clarke d'introniser le Peuple du Ciel comme treizième clan de sa coalition. Après réflexion, Kane et Abby acceptent afin d'être sûrs d'avoir des alliés contre la Nation des Glaces qui semble vouloir une guerre coûte que coûte.
La reine Nia de la Nation des glaces entraîne Lexa dans un duel à mort et lui oppose son fils Roan. Clarke a très peur pour son amie, car elle connaît la force de Roan.
Lexa et Clarke découvrent le massacre de trois cent guerriers natifs qui étaient censés protéger Arkadia. Seule Indra est en vie. Alors que Pike s'approprie la communauté, Octavia est envoyée par Kane pour servir d'intermédiaire entre lui et Lexa.
Devenu chancelier, Pike s'empresse, avec l'aide de Bellamy et d'Hannah, de mettre à exécution ses menaces d'attaque sur le camp d'Indra. Il fait un carnage, tuant trois cents hommes pendant leur sommeil.
Lexa essaie de maintenir la paix et l'ordre entre les différents clans. Clarke découvre un étrange jeu de pouvoir qui pourrait tout faire basculer.
Kane cherche un moyen pacifique de gérer les choses mais il se rend vite compte qu'il sera contraint d'utiliser des méthodes drastiques. Pendant ce temps Pike suspecte une fuite dans les murs d'Arkadia. Dans le même temps, Raven a un plan et demande de l'aide à Jasper.
Clarke découvre une vérité choquante, et Octavia est forcée de faire un choix qui aura des conséquences dévastatrices.
Jaha emploie une nouvelle méthode terrifiante pour convaincre Abby de rejoindre sa cause, Kane est en mission et Bellamy est frappé par une dure vérité. Pendant ce temps Monty se retrouve dans une situation précaire, et Jasper se précipite pour sauver l'un des siens.
A.L.I.E force le côté sombre de Raven à sortir, et la colère de Jasper continue de grandir. Pendant ce temps, Octavia cherche sa place, et Monty est forcé de prendre une décision rapide qui aura des conséquences catastrophiques.
Murphy, Bryan et Miller montent la garde en se racontant des histoires de fantômes quand ils sont enlevés par ce qu'ils croient être un Natif. Puis c'est au tour d'Octavia et de Jasper, qui sont en train de récupérer le cahier de Lincoln.
Jaha continue à contraindre les natifs de Polis à prendre la pastille. Tous ceux qui refusent sont incarcérés. Pike rejoint ainsi Indra et Murphy en cellule.
Pike, Murphy et Indra s'unissent pour s'échapper. Ils décident de s'attaquer à la valise de Jaha pour tenter de détruire Alie. Luna veut renvoyer Clarke, Octavia, Bellamy et Jasper chez eux. Mais Clarke fait une nouvelle tentative peu pacifique.
Clarke et ses amis arrive à convaincre Roan de les faire entrer à Polis. Ils veulent retirer la puce du cou de Ontari avant de lui donner la Flamme et obtenir le code qui désactivera Alie.
Clarke a retiré la puce du cerveau de sa mère. Pendant que certains se préparent à affronter l'assaut de l'armée d'Alie, Abby fait une transfusion d'Ontari vers Clarke, pour donner du sang nocturne à sa fille.