Parmi les 100, 48 se retrouvent prisonniers du Mont Weather. Clarke tente de suite de s'échapper, avant de réaliser que ses amis sont accueillis avec bienveillance par Dante Wallace, le chef des survivants de la montagne. Cependant, elle a des doutes sur ses intentions et commence à rechercher les sombres secrets de ce peuple. De leur côté, Abby, Marcus et le reste de leur station partent à la recherche des 100 sans savoir qu'ils sont au Mont Weather et se heurtent à l'hostilité des Natifs. Bellamy retrouve Finn qui a été capturé par un Natif, Tristan, et tente de le libérer. Lincoln emmène Octavia voir son amie Luna mais le temps est compté. Raven n'a pas été emmenée au Mont Weather car leurs soldats ne l'ont pas trouvée, et elle est maintenant seule, blessée dans le vaisseau. Quant à Jaha, il est lui aussi tout seul sur la dernière station de l'Arche.
Clarke trouve le moyen de sortir de sa cellule et découvre rapidement qu’elle est détenue captive au Mount Weather. On lui assure pourtant qu’elle est libre, mais réalise sans tarder que tout cela est trop beau pour être vrai. Finn a été capturé par un natif et Bellamy attend le bon moment pour le libérer.
Quand Clarke apprend que quelqu’un de l’extérieur est ramené au Mont Weather, elle fait tout pour découvrir ce qui se trame. Abby est obligée d’opérer Raven dans l’espoir qu’elle puisse remarcher. Octavia doit à son tour sauver Lincoln.
Marcus découvre qu'Abby a permis à Bellamy et Murphy de s’enfuir et doit à présent la punir pour cela. Octavia approche Indra pour l’aider à retrouver Lincoln, mais cela se retourne contre elle. Clarke trouve un moyen de quitter le Mont Weather, mais doit alors affronter toujours plus d’horreurs.
Alors que Clarke et Anya sont en fuite, poursuivies par les hommes armés du Mont Weather, le groupe mené par Bellamy arrive sur le lieu du crash d’une seconde partie de l'Arche et découvre une survivante. Jaha se réveille dans le désert.
Bellamy et Octavia reviennent au camp, ils y retrouvent Clarke et, ensemble, ils décident de repartir à la recherche de Finn et Murphy. Quand Maya est contaminée par des radiations, Jasper accepte de servir de cobaye pour tenter de la sauver.
Clarke convainc sa mère de retourner au Mont Weather afin de détruire l’antenne qui brouille leurs communications. Marcus et Thelonious sont forcés par les Natifs à faire un choix. De son côté, Jasper fait une découverte qui change tout.
Alors que Thelonious veut que tout le monde prenne la route, Abby hésite à fuir et à laisser derrière elle les possibles survivants détenus captifs. Bellamy vient chercher Clarke pour qu’elle aide Lincoln, mais la violence de ce dernier est un obstacle.
Les Natifs encerclent le Camp Jaha et attendent que Finn leur soit livré. Abby refuse de le leur livrer et Clarke, Bellamy et Raven cherchent un moyen de sauver leur ami sans provoquer une guerre. Le temps est compté.
Clarke conclut un pacte avec Lexa et Indra. Abby et Kane commencent à se rendre compte que les pouvoirs décisionnels sont hors de leur portée. Une Raven bouillonnante est incapable de contrôler ses émotions. Un geste audacieux menace de détruire la nouvelle alliance entre le Peuple du Ciel et les Natifs, et un visage familier hante Clarke. Pendant ce temps, au Mont Weather Monty trouve un plan risqué.
Alors que Clarke est restée auprès des Natifs pour établir un plan d’attaque, le Camp Jaha accueille à son tour leurs nouveaux alliés. Lincoln entraîne Bellamy jusqu'au Mont Weather pour préparer le terrain avant la grande offensive.
Sauvée de peu par Maya, Bellamy commence à progresser à l’intérieur du Mont Weather. Dehors, Clarke est attaquée et se heurte à l’autorité de sa mère. Alors que la tension monte et que la guerre se prépare, des décisions importantes doivent être prises.
Bellamy parvient à naviguer dans les couloirs du Mont Weather et découvre que Cage compte envoyer un missile sur les leaders des Natifs. Clarke doit décider entre sauver tout le monde ou protéger l’information qui pourrait coûter à Bellamy sa vie et à l’attaque toutes ses chances de réussites.
Barricadés au Mont Weather, Jasper et les siens tentent de maintenir leur position en espérant qu’une aide extérieure vienne à leur secours. Lexa et Clarke se lancent à la recherche du tireur caché qui continue de faire feu sur les survivants après l’explosion.
Se préparant pour la bataille, Clarke et Lexa s’opposent à un niveau idéologique. Bellamy doit désactiver le gaz pour permettre à l’armée d’avancer et Raven demande alors à Wick de leur venir en aide pour découvrir une solution.
Clarke et Lexa ont rassemblé leurs forces devant la porte du Mont Weather, attendant que Raven et Wick l’ouvrent. À l’intérieur, Bellamy s’affaire à récupérer les siens à l’approche de l’attaque, mais Cage tourne les siens contre ceux qui les aident.
Octavia et Clarke retrouvent Bellamy et les autres à l’intérieur du Mont Weather et découvrent qu’Abby et Marcus ont également été capturés. Le temps est maintenant compté et les options sont limitées. Jaha et Murphy atteignent leur destination, mais ils ne sont pas au bout de leurs surprises.